ACHIPIA organiza su trabajo a partir de áreas de coordinación. Estas áreas dan cuenta del quehacer de la Agencia y buscan dar fluidez tanto a la interacción del equipo a nivel interno como a la relación con actores de la cadena alimentaria, considerando en ello a la comunidad internacional. Las áreas de coordinación, se encuentran a cargo de profesionales que actúan como responsables y que define, en conjunto con su equipo, la manera en la que se distribuyen las distintas tareas a desempeñar. Cabe destacar que todo este proceso es supervisado por el Secretario/a Ejecutivo de la Agencia.

Las áreas definidas son cuatro:

Área de evaluación de riesgos
Área de asuntos internacionales y regulatorios
Área de comunicación de riesgos
Área de vinculación con el sistema de fomento productivo e Investigación y Desarrollo (I+D)


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