ACHIPIA organiza su trabajo a partir de áreas de coordinación. Estas áreas dan cuenta del quehacer de la Agencia y buscan dar fluidez tanto a la interacción del equipo a nivel interno como a la relación con actores de la cadena alimentaria, considerando en ello a la comunidad internacional. Las áreas de coordinación, se encuentran a cargo de profesionales que actúan como responsables y que define, en conjunto con su equipo, la manera en la que se distribuyen las distintas tareas a desempeñar. Cabe destacar que todo este proceso es supervisado por el Secretario/a Ejecutivo de la Agencia.